Le conseil d’administration de l’Administration portuaire du Saguenay est formé de sept membres, tous des gens d’affaires de la région du Saguenay Lac-St-Jean. Les trois paliers de gouvernement, fédéral, provincial et municipal nomment chacun un administrateur. Les quatre autres administrateurs sont nommés par le ministre fédéral des Transports à partir des recommandations des utilisateurs du port. Le Conseil d'administration élit son propre président.